Şekil 56. Kilisenin kubbesinin içten görünümü

            Osmanlı dönemine baktığımızda ise, II. Mehmet (Fatih) döneminde 1453
yılında merdiven kulesinin Güneybatı köşesine küçük ahşap bir minare eklenmiştir.
1466 yılında yapının yanına eklenen medrese ile birlikte kütüphanede eklenmiştir.
II. Beyazıd döneminde 1486-1487 yıllarında mihrap eklemiştir. (Şek. 57)

Şekil 57. Kilisenin doğusuna konumlanan mihrap

1487 yılında önce yapının Kuzeydoğu köşesine eklenen iki minare yaptırılırken 1509
yılında ise oluşan büyük depremden dolayı minarelerden biri yıkılıp yapının içindeki
sıvalar dökülüp mozaiklerin bir kısmı ortaya çıkmıştır. (Şek. 58)

Şekil 58. Galeri katı, mozaikken görünüm

II. Selim döneminde 1573 yılında iki yeni minare yapımına başlanmıştır. Ahşap minare
yıkılıp yerine tuğladan minare inşa edilmiş ve payandaların üstleri kapatılmıştır. III.
Murat dönemi II. Selim döneminde başlayan onarımlar bu dönemde de devam ettirilmiş
olup iki minarede bu dönemde bitirilmiştir. (Şek. 59)

Aynı zamanda kubbenin üzerine altından âlem eklenirken yapının içerisine ise
dört mermerden okuma mahfili yapılmıştır. Bugün görmüş olduğumuz minber bu dönemde
yaptırılmış olup Bergama’dan ise mermer küpler getirtilmiştir. (Şek. 60-61)

Şekil 59. Minarelerden görünüm

Şekil 60. Mermer küpten görünüm

Şekil 61. Kilisenin doğusuna konumlanan minber

1576-1577 yıllarında II. Selim’e ait olan türbe bu dönemde açılmıştır. 1594 yılında mimar
Davut Ağa tarafından III. Murat için altıgen türbeyi yapmıştır. I. Ahmet 1607-1609 yıllarında
kapılarda ve iç mekânda onarımlar devam ederken kubbeye kurşundan örtüyle kaplanmıştır.
1608’de III. Mehmet için mimar Dalgıç Ahmet Ağa yapının güneyine sekizgen bir türbe
eklerken kilisenin vaftizhanesi I. Mustafa için türbeye dönüştürülmüştür. 1609 yılında ana
kubbenin içinde bulunan Pantokrator mozaiği sıvayla kapatılmıştır. I. İbrahim yapının Kuzey
yönüne türbelerin ise Güney köşesine sebil yaptırmıştır. IV. Mehmed, 1651 yılında Balıkçı
Zade Mustafa Çelebi tarafından ana kubbenin içine ve dört köşesine Kurandan sureler ve
halifelerin adları eklenmiştir. (Şek. 62)

Şekil 62. Hat yazılarından görünüm

Mermerden yeni bir kürsü de eklenmiştir. III. Ahmet döneminde 1706-1707 yıllarında
yapının içine müezzin mahfili eklenmiştir. 1717 yılında içerideki bezemeler yenilenip
açıkta kalan mozaiklerin üzerleri kapatılıp üzerine yeni süslemeler eklenmiştir 1726
yıllarında Mehmet Ağa tarafından yeni bir mahfil-i Hümayun III. Ahmet’e atfedilmiştir.
I. Mahmut döneminde yeni bir mahfil yapılmıştır. (Şek. 63)

1736 yılında ise kilisenin Güney nefine iki payanda arasına kütüphane yapılmıştır.
(Şek. 64) Bu kütüphanenin duvarları 16.-17. ve 18. yüzyıllara ait Kütahya ve İznik
çinileri eklenmiştir. 1740 yılında mozaiklerin tamamı sıva ile örtülür iken sadece
pandantiflerdeki kerubim meleklerin yüzleri kapatılmış ancak geri kalan kısımları çık
bırakılmıştır. (Şek. 65)

1740-1741’de ‘’L ‘’ biçimde şadırvan eklenmiştir. (Şek. 66)

Şekil 63. Müezzin Mahfili

Şekil 64. I. Mahmut Kütüphanesi dıştan görünümü